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Abandonado pelo pai quando criança e criado junto com seu irmão Shannon Leto por sua mãe Constance. Posteriormente foram adotados por um médico italiano que havia se casado com sua mãe, assumindo o sobrenome Leto. O pai biológico de Jared casou-se novamente e teve outros dois filhos mas morreu cedo num trágico acidente (que dizem os rumores, pode ter sido um incêndio).

Jared teve uma vida muito simples e raramente morou por muito tempo no mesmo lugar. Em sua infância chegou a morar no Haiti, no Alasca e em vários outros estados norte-americanos. Teve uma adolescência rebelde, abandonando a escola e sendo preso por motivo desconhecido. Afirmou que saiu de casa muito jovem para ganhar a vida sozinho.

Depois desta adolescência conturbada, Jared resolveu terminar a escola e entrou para a universidade de artes da Philadelphia querendo ser pintor. Desistiu em pouco tempo e pediu transferência para a escola de artes visuais de Nova Iorque onde se apaixonou pela arte dramática.